Po odzyskaniu sił, szkolił się dalej i ruszał na misje ze swoim ojcem. Pech chciał, że w czasie jednej z nich Sasuke opuścił wioskę i jego koledzy ruszyli w pogoń. Spowodowało to, że Shino za każdym razem wypominał kolegom, że jego nie zabrali ze sobą. Trzy lata później, kiedy Naruto wrócił do wioski i spotykał dawnych znajomych, Shino był jedyną osobą, której nie poznał, zresztą trudno się temu dziwić – stał się jeszcze bardziej tajemniczy, w ciemnym stroju, a dodatkowo zasłaniał swoją twarz kapturem, przez co trudno go było rozpoznać (co prawda wypominał tą sytuację Naruto za każdym razem). Bardzo chętnie dołączył do grupy poszukującej Sasuke, argumentując to tym, że ostatnio został pominięty, co szczególnie denerwowało Kibę. W czasie pogoni cała drużyna natknęła się na Tobiego, który skutecznie utrudnił pogoń. Wtedy też Shino ponownie zastosował swoje umiejętności kontroli nad robakami atakując lidera Akatsuki, jednak Tobi wyszedł z tego bez szwanku. Nie mniej jednak, atak Shino udowodnił, że zamaskowany członek Akatsuki stosuje wysoce zaawansowaną technikę teleportacji, jednakże na tym zakończył się wkład Shino w walkę. Po odkryciu, że Sasuke nie ma w miejscu, gdzie powinien być, cała drużyna powróciła do domu. Jednak nie był to okres spokoju dla Konohy. Po śmierci Jiraiyi i krótko po wyruszeniu Naruto na Myoubokuzan wioskę ukrytą w Liściach zaatakował Pain. Do walki z nim stanęli wszyscy mieszkańcy, między innymi Shino ze swoją rodziną, która walczyła z Konan. Jednak nawet połączone umiejętności klanu Aburame nie były w stanie nic zrobić towarzyszce Paina, która uciekła z pola walki zaraz przed destrukcyjnym atakiem Nagato. Po ataku nastał czas względnego spokoju i odbudowy wioski. W tym czasie do osady dotarła drużyna z Kumo informując o porwaniu Killer Bee przez Sasuke. Młode pokolenie Konohy spotkało się wtedy, by podjąć decyzję o zlikwidowaniu Sasuke w celu zapobiegnięcia wojny. Chłopak z klanu Aburame także był na spotkaniu. Podsumowując, Shino jest zamkniętym w sobie, małomównym ninja, który jednak potrafi zdobyć szacunek wśród swojej drużyny i sprawnie jej przewodzić. Walczy bezpiecznie, nie pozwalając sobie na duże straty wśród swoich małych przyjaciół, a jednocześnie skutecznie eliminować swoich przeciwników samemu zbytnio nie obrywając. Inteligentny i opanowany ma duże szansie stać się jednym z najlepszych shinobi Konohy młodego pokolenia i dumą klanu Aburame.